A Biblioteca associada ao Núcleo Museológico do Hospital Colónia Rovisco Pais integra o acervo documental, fotográfico e bibliográfico do antigo hospital. Foi reorganizada em 2023 e disponibiliza aos investigadores o acervo documental da biblioteca científica do antigo Hospital Colónia Rovisco Pais que funcionou como um centro de partilha e produção de ciência e foi enriquecendo com as obras produzidas pelo corpo clínico do Hospital, com as aquisições e ofertas, nomeadamente de leprólogos que visitavam o Hospital ou enviados pelos serviços congéneres em outros países. O seu acervo auxiliou o corpo clínico da antiga leprosaria no tratamento e estudo da Doença de Hansen, desde 1947.

O fundo bibliográfico da biblioteca do Hospital Colónia Rovisco Pais é composto pelas obras da antiga Biblioteca Científica e do Laboratório do Hospital, totalizando cerca de 4.350 volumes e 740 títulos, 51% dos quais correspondem a monografias e 49% de publicações periódicas, especialmente revistas e jornais científicos.
Em termos cronológicos, a consulta destas obras permite perceber a evolução das ciências da saúde e a assistência, um pouco por todo o mundo, desde o final do século XIX até ao século XXI. 

A obra mais antiga, datada de 1823, corresponde a uma 2ª edição do “Ensaio Dermosographico ou Succinta e systematica descripção das Doenças Cutaneas” de Bernardino António Gomes, autor do primeiro censo moderno dos doentes de Hansen em Portugal.
Cerca de 40% das publicações que compõem este fundo são estrangeiras originárias dos: Inglaterra, França, Suíça, Espanha, Holanda, Itália, Suíça, Bélgica, Alemanha, da antiga União Soviética, dos Estados Unidos da América, Brasil, Argentina, Cuba, México, Venezuela, República Dominicana, Índia, Angola, etc. sendo representativas dos principais autores, associações e organismos de saúde destes países, em especial nos domínios da Dermatologia e Leprologia. Registando-se também um núcleo interessante de atas de congressos internacionais nas temáticas de Dermatologia e Leprologia.
A raridade de algumas destas publicações depreende-se do facto de não constarem dos catálogos de outras bibliotecas portuguesas.

Disponibiliza ainda, na sua Hemeroteca Digital, cópias digitais das principais publicações do Hospital, entre elas a “Rovisco Pais: Revista Portuguesa da Doença de Hansen” e o jornal de doentes “Luz”, bem como outras publicações editadas pelo antigo hospital especializado no tratamento da Hanseníase.